《中醫藥系統生物學》突破西藥“點—點”的傳統研究模式，首次提出“系統—系統”的研究模式，把中藥和人體(生物)各看做一個系統，通過化學物質組學(中藥方劑)來表征藥物干預生物系統(人體)的組成及相關關系。

　　書中以大量篇幅闡述了中醫藥系統生物學的形成、演變和研究內容，探索了一個“以現代科學技術切入中藥研究，實現中藥現代化”的創新藥物體系;并通過臨床的實際事例——糖尿病腎病的系統生物學研究以及實驗室研究事例——中藥復方雙龍方的整體系統生物學研究等應用實例，生動講解和驗證了“系統對系統”研究模式的可行性和優越性。