反滲透系統在正常運行一段時間后，反滲透膜會受到在給水中可能存在的懸浮物質或難溶物質的污染，這些污染物中最常見的為碳酸鈣垢、硫酸鈣垢、金屬氧化物垢、硅沉積物及有機或生物沉積物。污染物的性質及污染速度與給水條件有關，污染是慢慢發展的，如果不早期采取措施，污染將會在相對短的時間內損壞膜元件的性能。
1、污染物的去除
   污染物的去除可通過RO反滲透膜化學清洗和物理沖洗來實現，有時亦可通過改變運行條件來實現，作為一般的原則，當下列情形之一發生時應進行RO反滲透膜化學清洗。
     1.1 在正常壓力下如產品水流量降至正常值的 10 ～ 15% 。
     1.2 為了維持正常的產品水流量，經溫度校正后的給水壓力增加了 10 ～ 15% 。
     1.3 產品水質降低 10 ～ 15% 。鹽透過率增加 10 ～ 15% 。
     1.4 使用壓力增加 10 ～ 15% 
     1.5  RO 各段間的壓差增加明顯 ( 也許沒有儀表來監測這一跡象 ) 。
2、常見污染物及RO反滲透膜化學清洗方法：
   在阻垢劑添加系統出現故障時或加酸系統出現而導致給水 PH 升高，那么碳酸鈣就有可能沉積出來，應盡早發現碳酸鈣垢沉淀的發生，以防止生長的晶體對膜表面產生損傷，如早期發現碳酸鈣垢，可以用降低給水PH值至3.0 ～ 5.0之間運行 1 ～ 2 小時的方法去除。
     注：應確保任何清洗液的 PH值不要低于 2.0 ，盃則可能會 RO 膜元件造成損害，特別是在溫度較高時更應注意，最高的 PH 不應高于 11.0 。
 
3、RO反滲透膜化學清洗一般步驟：
3.1. 用泵將干凈、無游離氯的反滲透產品水從清洗箱 ( 或相應水源 ) 打入壓力容器中并排放幾分鐘。
3.2. 用干凈的產品水在清洗箱中配制清洗液。
3.3. 將清洗液在壓力容器中循環 1 小時或預先設定的時間，對于 8 英寸或 8.5 英寸壓力容器時，流速為 35~40 加侖 / 分鐘 (133~151 升 / 分鐘 ) ，對于 6 英寸壓力容器流速為 15~20 加侖 / 分鐘 (57~76 升 / 分鐘 ) ，對于 4 英寸壓力容器流速為 9~10 加侖 / 分鐘 (34~38 升 / 分鐘 )
3.4. 清洗完成以后，排凈清洗箱并進行沖洗，然后向清洗箱中充滿干凈的產品水以備下一步沖洗。
3.5. 用泵將干凈、無游離氯的產品水從清洗箱 ( 或相應水源 ) 打入壓力容器中并排放幾分鐘。
3.6. 在沖洗反滲透系統后，在產品水排放閥打開狀態下運行反滲透系統，直到產品水清潔、無泡沫或無清洗劑 ( 通常需 15~30 分鐘 ) 。