SWATH™應(yīng)用與BaseSpace®相結(jié)合，首次實(shí)現(xiàn)新一代蛋白質(zhì)組學(xué)和新一代測(cè)序工具的綜合運(yùn)用
2014年10月13日，中國(guó)北京 - 生命科學(xué)分析儀器技術(shù)發(fā)展的全球領(lǐng)導(dǎo)者AB SCIEX和Illumina（納斯達(dá)克：ILMN）今天聯(lián)合宣布雙方將針對(duì)OneOmics™項(xiàng)目開(kāi)展獨(dú)家合作，將基于SWATHTM的新一代蛋白質(zhì)組學(xué)（NGP）和新一代測(cè)序（NGS）工具在云計(jì)算環(huán)境中結(jié)合使用。
AB SCIEX的SWATHTM蛋白質(zhì)組學(xué)云工具套件應(yīng)用將托管于BaseSpace中。這是Illumina專(zhuān)為推動(dòng)基因組學(xué)分析而設(shè)立的應(yīng)用庫(kù)和基于云的信息學(xué)社區(qū)。通過(guò)本次合作，BaseSpace將成為基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)“大數(shù)據(jù)”的唯一存儲(chǔ)地點(diǎn)。利用快速安全而流暢的復(fù)雜多組學(xué)數(shù)據(jù)集分析，該解決方案將有助于推動(dòng)生物標(biāo)志發(fā)現(xiàn)，協(xié)助癌癥、糖尿病、老年癡呆癥和心臟病等疾病的研究。
系統(tǒng)生物學(xué)研究所所長(zhǎng)Leroy Hood表示：“以AB SCIEX和Illumina雙方的精彩合作為契機(jī)，開(kāi)展基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)綜合分析，必將進(jìn)一步推廣計(jì)算分析的應(yīng)用面，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析的普及和標(biāo)準(zhǔn)化，并為生命科學(xué)的系統(tǒng)生物學(xué)領(lǐng)域提供一個(gè)平臺(tái)。”
采用獲得專(zhuān)利的AB SCIEX SWATHTM蛋白質(zhì)組學(xué)軟件，用戶可在使用傳統(tǒng)“鳥(niǎo)槍法”蛋白質(zhì)組學(xué)測(cè)量難以重現(xiàn)的不完整蛋白質(zhì)集時(shí)，解決“丟失數(shù)據(jù)問(wèn)題”。SWATHTM率先實(shí)現(xiàn)了針對(duì)多種樣本的可重復(fù)蛋白質(zhì)組研究，并通過(guò)結(jié)合Illumina的NGS技術(shù)將進(jìn)一步得到強(qiáng)化。
AB SCIEX總裁Rainer Blair表示：“SWATHTM軟件是一種創(chuàng)新型專(zhuān)利技術(shù)，基本無(wú)需研制新方法就能夠一次性檢驗(yàn)數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì)。在與云應(yīng)用結(jié)合后，我們的客戶處理數(shù)據(jù)的速度現(xiàn)可加快50倍。OneOmics項(xiàng)目將幫助組學(xué)研究取得更加理想的成效。我們已經(jīng)開(kāi)發(fā)出四款SWATH應(yīng)用，可支持蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)的處理、分析和可視化，以挖掘生物奧秘。”
隨著NGP和NGS產(chǎn)生數(shù)量不斷增加的數(shù)據(jù)，雙方通過(guò)密切合作幫助安全地存儲(chǔ)、提取和管理大規(guī)模復(fù)雜數(shù)據(jù)集并在生物環(huán)境中對(duì)其進(jìn)行可視化，進(jìn)而突破生物醫(yī)學(xué)研究的瓶頸。蘇黎世瑞士聯(lián)邦理工學(xué)院（ETH）分子生物學(xué)研究所的Ruedi Aebersold博士兼教授表示：“借助該平臺(tái)，研究人員能夠更迅速高效地建立可預(yù)測(cè)、可測(cè)試且行之有效的疾病模型。本質(zhì)上，它把生物系統(tǒng)多層次分析的重點(diǎn)從實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)場(chǎng)數(shù)據(jù)采集轉(zhuǎn)移到計(jì)算領(lǐng)域，在這里可從全球范圍共享大數(shù)據(jù)集。”
AB SCIEX SWATHTM云工具套件帶來(lái)了越來(lái)越多的BaseSpace應(yīng)用，能夠從SWATH™蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)挖掘出生物奧秘，具體包括：
Protein Expression Extractor – 用于處理原始質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)
Protein Expression Assembler – 用于蛋白質(zhì)倍數(shù)變化分析
Protein Expression Browser –用于在生物環(huán)境中對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化
Protein Expression Analytics –用于數(shù)據(jù)質(zhì)量審核
Illumina公司發(fā)展高級(jí)副總裁兼企業(yè)信息學(xué)總經(jīng)理Nicholas Naclerio指出：“這些新蛋白質(zhì)組學(xué)工具將系統(tǒng)生物學(xué)功能帶給BaseSpace，創(chuàng)建了一個(gè)基于云的易用型環(huán)境，有助于針對(duì)越來(lái)越多的應(yīng)用快速完成數(shù)據(jù)分析。現(xiàn)在，任何需要真正的跨學(xué)科系統(tǒng)級(jí)生物學(xué)信息的人都可以從BaseSpace中找到所需信息。”
BaseSpace應(yīng)用提供的信息學(xué)解決方案能夠幫助客戶充分利用日益龐大的術(shù)、商業(yè)和開(kāi)源提供商群體提供的工具。BaseSpace中現(xiàn)已提供AB SCIEX SWATH™蛋白質(zhì)組學(xué)云工具套件，敬請(qǐng)?jiān)L問(wèn)：www.basespace.com。
