清洗與去污過程包括6個步驟:分類、浸泡、清洗、漂洗、器械清洗后的消毒和干燥。
(1)分類:器械使用完畢最好立即進行分類，盡量不要直接用手進行分類;銳利物品必須放在防刺容器內進行運輸;污物要保持濕潤防止干燥，如不能在1～2h之內及時清洗，須將物品浸于冷水或含酶液體中。
(2)浸泡:浸泡可防止污物變干和軟化或去除污物;對于有大量有機物污染或污染物已干可先用酶清潔劑浸泡應>2min。
(3)清洗:分手工清洗和機械清洗，具體清洗方法見清洗與去污方法。對于嚴重污染有機物的器械初步處理步驟包括清潔劑浸泡、沖洗(刷洗)，再采用機械清洗方法清洗。對于精密、復雜器械的清洗方法包括沖洗、清潔劑浸泡、沖洗(刷洗)，再采用機械清洗方法清洗。
(4)漂洗:手工清洗完畢可用自來水漂洗，接著用去離子水漂洗。機械清洗用去離子水漂洗。
(5)器械清洗后的消毒:使用熱力清洗消毒機進行清洗消毒，其消毒的溫度:中、低危險性物品與器械的溫度為>90℃1min或A0>600;高危險性的物品與器械的溫度為>90℃5min或A0>3000。未使用熱力清洗消毒機的器械、物品，清洗后采用物理(濕熱)消毒方法進行消毒。不適用于熱力消毒和機械清洗消毒方法的器械，應采用去離子水或蒸餾水進行最后清洗和擦拭，提高潔凈度。也可用80%～95%乙醇擦拭器械，以達到消毒標準。器械消毒過程中可以在去離子水、蒸餾水中添加專用水溶性器械潤滑劑。不能使用石蠟油等非水溶性油類溶劑進行器械保養和潤滑。
(6)干燥:漂洗完畢后，應盡快將濕的物品擦干或烘干。可使用烘干箱進行器械干燥處理。干燥溫度70～90℃。一般金屬器械干燥時間15～20min，塑膠類器械干燥時間較長，如呼吸機管路等，30～40min。不適用于高溫干燥的器械如內鏡等，可用清潔紗布擦拭干燥或采用75%的乙醇擦拭干燥，管腔類器械應使用氣壓槍進行干燥處理，各類器械禁止使用放置在空氣中的自然干燥方法。
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