由于現存大熊貓種群的減少，其基因重建可能無法準確描述這一物種的進化歷史，科學家一直在尋找從古代大熊貓化石提取到線粒體基因組或核基因組的方法。

　　2014年，付巧妹團隊成員張穎奇等人在廣西樂業的慈竹坨洞發現一熊貓個體，它生存的年代在末次盛冰期前后。在中國南方炎熱潮濕的條件下，DNA的保存非常困難，對數萬年前的樣本進行基因重建更是舉步維艱。付巧妹團隊利用古DNA捕獲技術，使該骨骼材料中仍然存在的極其微量的DNA得以富集。

　　團隊將慈竹坨洞個體的線粒體與138個現存熊科個體和31個古代熊科個體的線粒體比較分析，發現相對于其它熊類而言，慈竹坨個體的線粒體DNA與現存大熊貓的遺傳關系最為親近；而大熊貓與其它熊類在1200—800萬年前擁有最直接的母系共同祖先。但慈竹坨個體所屬的種群與現存大熊貓的祖先是分離且并存的。

　　線粒體DNA提供的只是一個基本數據點，而核DNA卻是將父母的核DNA混合形成后代的核DNA，可提供數以萬計的數據點，更便于了解相關種群的歷史。專家認為，此項研究成果，意味著獲取大熊貓的古核DNA亦指日可待，這將對準確研究大熊貓的進化史起到重要作用。