據悉，華南應用微生物國家重點實驗室依托單位為廣東省微生物研究所。該實驗室的研究方向設定為：熱帶亞熱帶微生物資源與利用、環境微生物與區域生態安全、有害微生物監測與防控。每個研究方向都有若干個研究團隊，分別進行與國家戰略性新興產業相關的生物資源、生物環保、生物材料和生物安全等領域的基礎和應用基礎研究以及應用技術研發，以期在具有華南地區特色的微生物資源、微生物代謝產物及其抗腫瘤、抗病毒的活性物質研究開發、食源性致病菌和霉腐微生物的防控、海洋微生物和環境微生物的研究與應用方面做出有影響力的研究成果。

　　該實驗室副主任孫國萍表示，此重點實驗室偏向于應用基礎理論和技術開發，著力解決華南地區社會經濟發展中的實際問題，如環境、食品安全等方面的問題。